In de eeuw die volgde op het bewind van Mehmed II , bereikte het Ottomaanse rijk het hoogtepunt van zijn macht en rijkdom. Nieuwe veroveringen breidden zijn domein uit tot ver in Midden-Europa en door het hele Arabische deel van de oude islamitische kalifaat , en een nieuw amalgaam van politieke, religieuze, sociale en economische organisaties en tradities werd geïnstitutionaliseerd en ontwikkeld tot een levend, werkend geheel.
Het bewind van de directe opvolger van Mehmed II, Bayezid II (1481-1512), was grotendeels een periode van rust. De eerdere veroveringen werden geconsolideerd en veel van de politieke, economische en sociale problemen veroorzaakt door Mehmeds interne beleid werden opgelost, waardoor een stevige basis werd gelegd voor de veroveringen van de 16e-eeuwse sultans. De economische beperkingen die werden opgelegd om de campagnes van Mehmed II te financieren, hadden in het laatste jaar van zijn regering geleid tot een virtuele burgeroorlog tussen de grote facties in Istanbul, de spolia partij en de Turkse aristocratie . Bayezid werd op de troon geïnstalleerd door de Janitsaren vanwege hun militaire overheersing van de hoofdstad, terwijl zijn meer militante broer Cem naar Anatolië vluchtte, waar hij een opstand leidde die aanvankelijk werd gesteund door de Turkse notabelen. Bayezid slaagde er echter in om de laatste te verzoenen door hun zijn in wezen vreedzame plannen aan de kaak te stellen, die de spolia , waardoor Cem zonder grote steun achterbleef. Cem vluchtte vervolgens in de zomer van 1481 in ballingschap in Mamelukken, Syrië. Het jaar daarop keerde hij terug met de hulp van de Mamelukken en de laatste Turkmeense heerser van Karaman, maar zijn poging om de steun van de Turkmeense nomaden te verwerven mislukte vanwege hun aantrekkingskracht op Het heterodoxe religieuze beleid van Bayezid. Cem bleef in ballingschap, eerst aan het hof van de kruisvaarders van Rhodos en daarna bij de paus in Rome, tot aan zijn dood in 1495. Europese pogingen om hem te gebruiken als speerpunt van een nieuwe kruistocht om Istanbul te heroveren, waren niet succesvol.
Ondertussen dwong Bayezid zich echter te concentreren op interne consolidatie door de dreiging dat Cem een buitenlandse aanval zou kunnen leiden. Het grootste deel van het eigendom dat door zijn vader in beslag was genomen voor militaire campagnes, werd teruggegeven aan de oorspronkelijke eigenaren. Gelijke belastingen werden ingesteld rond de rijk zodat alle onderdanen hun verplichtingen jegens de regering konden nakomen zonder het soort verstoring en ontevredenheid dat het vorige regime kenmerkte. Bijzonder belangrijk was de oprichting van de avariz-i divaniye (oorlogskas)belasting, die voorzag in de buitengewone oorlogsuitgaven zonder bijzondere confiscatie of zware heffingen. De waarde van de munten werd hersteld en Mehmed II's plannen voor economische expansie werden eindelijk verwezenlijkt. Daartoe werden duizenden Joden die in de zomer van 1492 door de inquisitie uit Spanje waren verdreven, aangemoedigd om naar het Ottomaanse rijk te emigreren. Ze vestigden zich vooral in Istanbul , Saloniki (het huidige Thessaloniki , Griekenland ), en Edirne , waar ze zich bij hun geloofsgenoten voegden in een gouden eeuw van het Ottomaanse jodendom die tot ver in de 17e eeuw duurde, toen het Ottomaanse verval en de toenemende macht van Europese diplomaten en kooplieden hen in staat stelden om de belangen van de christelijke onderdanen van de sultan op de kosten van zowel moslims als joden. Bayezid II voltooide de inspanning die Mehmed II was begonnen om de vazallen te vervangen door directe Ottomaanse administratie door het hele rijk. Voor het eerst opereerde de centrale overheid regelmatig met een begroting in evenwicht. Cultureel stimuleerde Bayezid een sterke reactie tegen de kerstenende tendensen van de vorige halve eeuw. De Turkse taal en islamitische tradities werden benadrukt. Omdat Bayezid zelf een mysticus was, bracht hij mystieke rituelen en leringen in de instellingen en praktijken van de orthodoxe islam om de toenemende dreiging van heterodox sjiisme onder de stammen van Oost-Anatolië tegen te gaan.
Hoewel Bayezid er de voorkeur aan gaf de vrede te bewaren - om de tijd en middelen te hebben om zich op interne ontwikkeling te concentreren - werd hij gedwongen tot een aantal campagnes door de behoeften van de periode en de eisen van zijn meer militante spolia volgers. In Europa rondde hij het rijk ten zuiden van de Donau en de Sava af door Herzegovina (1483) in te nemen, waardoor alleen Belgrado buiten de Ottomaanse controle bleef. De Hongaarse koning Matthias Corvinus (regeerde 1458-1490) was vooral geïnteresseerd in het vestigen van zijn heerschappij over Bohemen en stemde in met vrede met de Ottomanen (1484), en na zijn dood lieten de strijd om de opvolging dat front relatief rustig achter voor de rest van Bayezid's regeren. In het noordoosten duwde de sultan het Ottomaanse grondgebied ten noorden van de Donau, langs de oevers van de Zwarte Zee , waarbij in 1484 de havens van Kilia (het huidige Kiliya) en Akkerman (Bilhorod-Dnistrovskyy) werden ingenomen - beide in wat nu Oekraïne is - die de monding van de Donau en de Dnjestr beheersten. De Ottomanen controleerden dus de belangrijkste entrepots van de Noord-Europese handel met de Zwarte Zee en de Middellandse Zee. Omdat die vorderingen in strijd waren met de ambities van Polen , in 1483-1484 volgde oorlog, totdat de omleiding van Polen door de dreiging van Muscovy onder Ivan III de Grote dat front ook na 1484 stil liet.
Bayezid keerde toen naar het oosten, waar eerdere veroveringen tot aan de rivier de Eufraat de Ottomanen naar het Mamluk-rijk hadden gebracht. Conflict over de controle over het kleine Turkmeense vorstendom Dulkadir (Dhū al-Qadr), dat een groot deel van Cilicië in het zuiden van Anatolië en de bergen ten zuiden van het Vanmeer beheerste, en een Ottomaanse wens om de controle over de islamitische heilige steden van Mekka en Medina leidde tot een periodieke oorlog (1485-1491). Die oorlog was echter niet overtuigend, en Bayezids onwil om grote troepen in te zetten voor het streven leidde tot onenigheid en kritiek van zijn meer militante volgelingen. Om dat tegen te gaan, probeerde Bayezid Hongaarse interne verdeeldheid te gebruiken om Belgrado in te nemen, zonder succes, en overvallende troepen naar Transsylvanië, Kroatië en Karinthië (de huidige staat Kärnten, Oostenrijk ) werden teruggestuurd. In 1495 stierf Cem en een nieuwe vrede met Hongarije liet de doelstellingen van Bayezid onvervuld, dus wendde hij zich tot Venetië, zijn andere grote Europese vijand. Venetië had opstanden tegen de sultan aangemoedigd in Morea (Peloponnesos) en in Dalmatië en Albanië, dat het in 1479 aan de Ottomanen had afgestaan. Het kreeg ook de controle over Cyprus (1489) en bouwde daar een grote marinebasis, die Bayezid weigerde te gebruiken tegen de Mamelukken. In plaats daarvan gebruikten de Venetianen Cyprus als basis voor piratenaanvallen tegen de Ottomaanse scheepvaart en kusten, waarmee ze het strategische belang van het eiland voor de sultan benadrukten. Bayezid hoopte ook de laatste Venetiaanse havens in Morea te veroveren om bases te vestigen voor de volledige Ottomaanse marinecontrole over de oostelijke Middellandse Zee. Al die doelstellingen, behalve de controle over Cyprus, werden bereikt in de oorlog met Venetië die volgde in 1499-1503. De Ottomaanse vloot kwam voor het eerst naar voren als een grote mediterrane zeemacht, en de Ottomanen werden een integraal onderdeel van de Europese diplomatieke betrekkingen.
Bayezid heeft die situatie nooit kunnen gebruiken om nieuwe veroveringen in Europa te doen, omdat de opkomst van opstanden in Oost-Anatolië veel van zijn aandacht in beslag nam tijdens de laatste jaren van zijn regering. Daar hervatte het oude conflict tussen de autonoom , onbeschaafde nomaden en de stabiele, gevestigde Midden-Oosterse beschaving van de Ottomanen. De Turkmeense nomaden verzetten zich tegen de pogingen van de Ottomanen om hun administratieve controle uit te breiden naar alle delen van het rijk. Als reactie op het orthodoxe islamitische establishment ontwikkelden de nomaden een fanatieke gehechtheid aan de leiders van de soefi- en sjiitische mystieke orden. De meest succesvolle daarvan waren de Ṣafavī's van Ardabīl, een mystieke orde waarvan de Turkmeense leden (Kizilbash [Roodharigen] genoemd vanwege hun gebruik van rode hoofddeksels om hun trouw te symboliseren) daar vanuit Oost-Anatolië waren geëmigreerd; de Safavid-dynastie, opgericht door de Ṣafavī-orde, gebruikte een gecombineerde religieuze en militaire aantrekkingskracht om het grootste deel van Iran te veroveren. Onder de sjah Ismāʿīl I (regeerde 1501-24), stuurden de Safavids missionarissen door heel Anatolië, die een boodschap van religieuze ketterij en politieke opstand verspreidden, niet alleen onder de inheemse volkeren, maar ook onder beoefenaars en sommige stedelijke elementen, die in die beweging begonnen te zien de antwoorden op hun eigen problemen.
Een reeks opstanden was het gevolg, die Bayezid niet kon of wilde onderdrukken, vanwege zijn betrokkenheid bij Europa en omdat zijn mystieke voorkeuren hem ertoe aanzetten om mee te voelen met de religieuze boodschap van de rebellen. Eindelijk, aan het begin van de 16e eeuw, dwong een algemene Anatolische opstand Bayezid tot een grote expeditie (1502-1503) die de Safavids en veel van hun Turkmeense volgelingen Iran binnendrong. Daar concentreerden de Safavids zich op het verspreiden van het sjiisme als een middel om de loyaliteit van de Perzen aan een dynastie gedomineerd door Turkmeense krijgers. Ismāʿīl ging ondertussen door met het verspreiden van zijn boodschap als soefi-leider in Anatolië, wat leidde tot een tweede grote opstand van zijn volgelingen tegen de Ottomanen (1511). Alle grieven van die tijd vloeiden samen in wat in wezen een religieuze opstand tegen de centrale regering was, en alleen een grote expeditie onder leiding van de grootvizier Ali Paşa kon deze onderdrukken. Maar de omstandigheden die de opstand hadden veroorzaakt, bleven een groot probleem voor de opvolger van Bayezid. Uiteindelijk leidde Bayezids steeds mystieke en vreedzame karakter ertoe dat de Janitsaren hem onttronen ten gunste van zijn militante en actieve zoon Selim.
